1、创新通关制度按照“一线”放宽、“二线”管住、人货分离，分类管理实施分线管理。
2、税收优惠（1）与生产有关的货物免税或保税：对从境外进入横琴与生产有关的货物实行备案管理，给予免税或保税，生活消费类、商业性房地产开发项目等进口的货物以及法律、行政法规和商业规定明确不予保税或免税的货物除外。（2）“二线”销往内地的货物照章征收进口环节增值税、消费税。 （3）对横琴企业之间货物交易免征增值税和消费税。（4）减征企业所得税：在制定产业准入及优惠目录的基础上，对符合条件的企业减按15%的税率征收企业所得税。（5）在横琴工作的香港、澳门居民涉及的个人所得税问题，暂由广东省政府按内地与港澳个人所得税负差额对港澳居民给予补贴。
3、支持七大产业发展发展旅游休闲、商务服务、金融服务、文化创意、中医保健、科教研发和高技术等产业，上述七大产业可能享受15%的企业所得税优惠等。