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非上市公司实施员工股权激励计划，一般会以低于市场公允价值的价格向激励员工授予公司股权/股份，员工为获得公司股权/股份而付出的成本与市场公允价值之间的差额，会被视为是因员工在企业的表现和业绩情况而取得的与任职、受雇有关的所得，应按“工资、薪金所得”适用的规定计算缴纳个人所得税。符合《关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》（财税〔2016〕101号，以下简称“101号文”）规定条件的非上市公司，经向主管税务机关备案，可实行递延纳税政策，即员工在取得股权激励时可暂不纳税，递延至转让该股权时纳税；股权转让时，按照股权转让收入减除股权取得成本以及合理税费后的差额，适用“财产转让所得”项目，按照20%的税率计算缴纳个人所得税。
按照101号文规定，享受递延纳税政策的非上市公司股权激励（包括股票期权、股权期权、限制性股票和股权奖励，下同）须满足以下条件：
二、有限合伙持股平台办理递延纳税备案的不确定性
（一）有限合伙持股平台
以有限合伙企业（以下简称“合伙企业”）作为股权激励员工持股平台，典型结构是由非上市公司的实际控制人自身或其持股的公司作为合伙企业的普通合伙人（即执行事务合伙人），由激励员工作为合伙企业的有限合伙人。
该模式的优势在于：（1）合伙企业治理模式简单，普通合伙人出资比例低，但作为执行事务合伙人具有较大的事务执行权限，便于实际控制人控制持股平台所持公司股权/股份的表决权，有利于公司股权结构稳定及实控人对公司经营决策的把控；（2）对于激励员工来说，能够显名直接持有合伙企业的合伙份额，且仅以其出资额为限承担有限责任，权益能够得到更好的保障；（3）合伙企业不具有法人地位，并非企业所得税纳税主体，相比公司制持股平台来说，合伙企业持股平台税负更低。绝大多数非上市公司进行员工股权激励时，都倾向于选择以有限合伙企业的形式进行
（二）办理递延纳税备案的不确定性
以合伙企业作为股权激励持股平台，激励员工直接获得及持有的是合伙份额，间接持有公司股权，并不完全符合101号文关于激励标的应为境内居民企业股权的要求。
部分地区已有合伙企业持股平台办理递延纳税备案的案例（例如300985致远新能、300920润阳科技、688177百奥泰、688499利元亨等上市公司），但根据我们咨询确认，北京地区税务机关并不接受以合伙企业间接持股办理101号文递延纳税备案，主要原因即为不符合101号文关于激励标的的规定。
根据我们对北京地区相关税务局工作人员的咨询确认，目前：（1）从税收监管的角度看，合伙企业形式持股平台的税收监管按照常规合伙企业的模式进行；（2）激励员工通过受让合伙份额或对合伙企业增资的模式成为合伙人，税务局并不穿透底层资产来核定确认转让对价或增资价格是否公允；（3）合伙人转让合伙份额申报纳税时，税款以转让价格与成本原值之间的差额为基础计算；（4）合伙人从合伙企业取得的所得,其中分回的利息、股息、红利按20%的比例缴纳个人所得税,合伙企业转让所持公司股份/股权所得按“经营所得”适用5%-35%的税率缴纳个人所得税。
综合来看，我们认为，无法按照101号文办理递延纳税备案，但通过合伙企业作为持股平台进行员工股权激励，在实际操作层面，除了股权转让阶段，其他阶段的税务负担实质与递延纳税备案后的差别不大。
对于通过合伙企业持股平台进行股权激励且已经办理了递延纳税备案的案例，由于该等公司自身与持股平台的注册登记地区并不完全一致（例如300985致远新能、300920润阳科技、688177百奥泰、利元亨688499），且其股权激励操作模式并不完全符合101号文的规定，其已办理的递延纳税备案的效力及后续股票转让退出时实际缴税的操作仍存在不确定性。
