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按照《财政部国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》(财税【2016】101号)的规定，非上市公司对本公司员工进行股权激励，符合规定条件的，经向主管税务机关备案，可实行递延纳税政策，即员工在取得股权激励时可暂不纳税，递延至转让该股权时按“财产转让所得”缴纳20%的个人所得税。
文件规定，激励标的应为境内居民企业的本公司股权(也可以是该公司技术成果投资入股到其他境内居民企业所取得的股权)。激励标的股票(权)包括通过增发、大股东直接让渡以及法律法规允许的其他合理方式授予激励对象的股票(权)。
其他合理方式是否包括通过合伙企业对员工间接激励?
一、理论分析
如果通过合伙企业进行激励可以适用上述优惠。将会面临以下问题：
(一)员工以什么形式实现对目标公司持股
1、员工已经是合伙企业合伙人，但合伙企业还不是目标公司的股东
该情形下，目标公司通过向合伙企业增发或大股东以较低价格向合伙企业转让目标公司的股票(权)，实现个人合伙人间接持有目标公司的股票(权)。该情形下，无论目标公司向合伙企业增发股票(股权)还是大股东向合伙企业转让目标公司股票(权)，交易价格通常会低于目标公司当时的每股净资产。
2、员工不是合伙企业合伙人，但合伙企业已经是目标公司的股东
该情形下，通常的操作是合伙企业的合伙人(一般是GP)将部分合伙份额以较低价格转让给被激励员工，或者合伙企业增资，吸纳被激励员工成为合伙企业的合伙人。
和目标公司直接对员工进行股票(权)激励相比，上述两种情形都可以实现员工以较低的价格持有目标公司的股票(权)，直接激励和间接激励并无本质差异。
(二)员工如何转让股票(权)
通过合伙企业完成激励后，未来合伙企业转让目标公司股票(权)，取得转让收入时，被激励员工(自然人合伙人)是否可以适用“递延至转让该股权时按财产转让所得缴纳20%的个人所得税”的优惠政策呢?
按照《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》(国税发【2011】50号)的规定，合伙企业从事股权(票)交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得(个人合伙人适用5%~35%五级超额累进税率)，依法征收个人所得税。
如果允许自然人合伙人按20%的税率纳税，就意味着与国税发【2011】50号文件的规定存在政策冲突;如果自然人合伙人需要按国税发【2011】50号文的规定纳税，就意味着个人通过合伙企业被间接激励不能适用财税【2016】101号的递延纳税优惠。
从理论上分析，通过合伙企业对员工进行间接激励，不适用递延纳税的优惠政策。
二、实务情况
实务中，有税务部门认可上述理论分析的结果，即通过合伙企业对员工间接股权激励，不适用递延纳税优惠。
但也有税务部门认可通过合伙企业对员工间接激励，可以适用递延纳税的优惠。
如科创板上市公司百奥泰生物制药股份有限公司。《会计师事务所关于百奥泰生物制药股份有限公司首次公开发行股票并在科创板上市申请文件的第二轮审核问询函的回复》显示：……发行人就持股平台启奥兴(注：广州启奥兴投资合伙企业)、聚奥众和晟昱投资(注：广州晟昱投资合伙企业)的历次股权激励涉及的个人所得税均已进行了递延纳税备案(注：完成备案，说明该间接激励得到了主管税务机关认可)，报告期内发行人股份支付相关处理符合税务相关规定。
三、特殊例外
根据财政部、科技部、国资委关于《国有科技型企业股权和分红激励暂行办法》的问题解答，国有科技型企业对员工进行股权激励，可以采用直接持有激励股权;也可以通过设立有限责任公司或合伙企业持股平台，采用间接持股的方式持有激励股权。员工通过股权激励取得的所得，只要满足政策要求，就可以享受财税〔2016〕101号文的递延纳税优惠。
从政策层面对国有科技型企业给出了例外规定，但在实操环节，同样存在通过合伙企业进行间接激励在未来转让股权时，个人合伙人到底该按20%纳税，还是按5%—35%的税率纳税的问题。
